As expedições de coleta devem ser cuidadosamente planejadas, visando o mínimo de imprevistos no processo de aquisição do material botânico como, por exemplo, o esquecimento de materiais de campo.

Evite a coleta em dias chuvosos, bem como a coleta de plantas terrestres molhadas que facilitam a formação de mofo (fungos oportunistas que se instalam quando o substrato/ambiente está úmido). 

Observe o material botânico fértil, ou seja, que possuem flores e/ou frutos, ou soros (amostras estéreis são mais difíceis de serem identificadas e não são aceitas na coleção da maioria dos herbários). Anote as informações da localidade e do indivíduo a ser coletado na sua caderneta de campo. Para dar celeridade a esse processo, tire fotos antes da coleta, assim esses dados podem ser preenchidos posteriormente. Você também pode optar por escrever esses dados no jornal da coleta.

Ramos baixos devem ser cortados utilizando-se tesouras de poda. Não quebre os ramos manualmente, pois pode causar danos à amostra ou perda de frutos ou flores com o movimento brusco de coleta. Os ramos em partes mais altas devem ser obtidos cortando-se os galhos com o uso do podão. As espécies arbóreas da Amazônia são geralmente muito altas, incrementando grande dificuldade na hora de coletar. Algumas podem ser alcançadas com o podão, porém a maioria precisa ser escalada para conseguir coletar uma amostra, muitas vezes ainda com o auxílio do podão. A escalada é feita por uma pessoa treinada, utilizando peconha e equipamento de escalada.

Para melhor conservação de algumas características naturais das amostras, aconselha-se que o material seja prensado logo após ser coletado, com a utilização de prensas de campo. As principais vantagens dessa alternativa é a conservação de todas as estruturas da planta e a possibilidade de posteriormente organizá-las da melhor maneira na prensa definitiva. Porém, muitas vezes isso não é possível. Nesse caso, os ramos da mesma amostra devem ser juntados com uma fita crepe e identificado com as iniciais e número do coletor e colocá-las em sacos plásticos grandes para que sejam prensadas tão logo quanto possível. 

Algumas plantas possuem estruturas muito sensíveis que podem se soltar ou danificar quando misturadas com outras amostras no saco. Uma solução para essas plantas mais delicadas é a utilização de sacos menores e individuais (ex. sacos de pão ou sacos de papel-manteiga). Assim elas não se misturam com outras amostras e não tem suas estruturas mais delicadas danificadas.

A amostra deve conter, sempre que possível, folhas, flores, frutos e/ou sementes. Durante a coleta de material botânico, sempre observar se as flores, frutos ou sementes pertencem realmente ao indivíduo onde foram retirados os ramos. Deve-se evitar a coleta de material que esteja solto no chão, pois podem não pertencer ao mesmo indivíduo. É importante lembrar-se de coletar a planta inteira, no caso de ervas. Evitar coletar apenas flores ou folhas sem os ramos completos ou danificados por fungos ou insetos. O tamanho adequado dos ramos deve ser em média de 30-40 cm (o tamanho que caberá numa exsicata).

Folhas ou estruturas muito grandes poderão ser dobradas de modo que se conservem inteiras na exsicata. Algumas plantas com folhas compostas possuem folíolos grandes, que podem ser confundidos com folhas. Nesses casos deve-se ter um cuidado especial, pois folhas incompletas dificultam a identificação. Frutos muito grandes, cuja prensagem é difícil, e frutos carnosos devem ser colocados inteiros em sacos à parte, conservando-se inteiros para a carpoteca.

As flores mais sensíveis podem ser acondicionadas em frascos de plástico com tampa vedável contendo álcool a 70%. Estes frascos devem conter a mesma identificação da amostra a que as flores pertencem. Nunca se deve dar números de coletor diferentes para uma mesma coleta de um mesmo indivíduo.

Aconselha-se coletar pelo menos cinco amostras do mesmo indivíduo ou, se não for suficiente, de indivíduos iguais e próximos. Dessas cinco, uma será destinada a depósito no herbário da instituição vinculada, e as outras duplicatas serão distribuídas em herbários parceiros e/ou destinada a especialistas para futura identificação ou confirmação da identificação.